Jo jonkin aikaa on Tanskassa sekä Ruotsissa ollut mahdollista luvanvaraisesti metsästää merimetsoja tai tuhota niiden pesiä. Nyt lintukannan jatkuvan lisääntymisen myötä myös Ahvenanmaalla on aloitettu merimetsojen metsästykseen.

Elokuun alusta ensi vuoden tammikuun loppuun saakka jatkuvan metsästyskauden aikana ei metsästyskohteena olevien merimetsojen määrää ole rajoitettu. Niitä voivat ampua kaikki ne ahvenanmaalaiset joilla on voimassa oleva metsästyslupa.

Metsästyksen tarkoituksena on merimetsokannan vähentämisen ohella vähentää myös niiden kalastajille aiheuttamia vahinkoa. Päätöstä perustellaan myös EU:n lintudirektiivillä, joka sallii poikkeusluvalla kalastukselle haittaa tuottavien lintujen metsästyksen. Merimetsojahdin oletetaan vähentävän kantaa noin tuhannella linnulla ja eräiden arvioiden mukaan se ei tule juuri vaikuttamaan kannan olemassaoloon.

Ahvenanmaan metsästyspäätöksen jälkeen on myös eräissä mantereen tuntumassa olevissa ongelma-aluekunnissa harkittu merimetsokantojen vähentämistä, mutta ainakaan toistaiseksi tähän ratkaisuun ei vielä ole päädytty.